Catalogo dei Corsi di studio

Il corso è finalizzato alla preparazione degli studenti nei settori della progettazione di nuove entità molecolari a potenziale attività biologica. In particolare nel corso saranno fornite le basi concettuali chimiche e chimico-fisiche e tecniche delle metodologie computazioni che sono usate nella progettazione di molecole bioattive in chimica farmaceutica. Queste comprenderanno sia le metodiche basate sui ligandi (ligand base drug design, LBDD) che quelle basate sulla conoscenza della struttura del beraglio biologico (structure based drug design, SBDD). Per quanto riguarda le tecniche esercitazioni individuali al calcolatore saranno organizzate in modo meticoloso per preparare gli studenti alla reale applicazioni della teoria insegnata.

Conoscenze acquisite
Effettuare una relazione struttura-attivita' per serie di composti bioattivi e di razionalizzarne in contenuto in termini quantitativi e strutturali al fine di progettare nuove molecole di interesse farmaceutico

Competenze acquisite
Uso di una serie software per la progettazione razionale di nuove molecole sulla base di modelli molecolari qualitativi e quantitativi sia in ambito LBDD che SBDD.

Programma

L'insegnamento e' in co-docenza con il Prof. Mai
Elementi di progettazione farmaceutica: hit e lead compounds.
Scelta e validazione del target biologico.
Elementi di farmacodinamica e farmacocinetica.
L'approccio HTS.
La chimica combinatoriale nella progettazione farmaceutica.
Relazioni struttura-attivita' e basi chimico-fisiche della chimica farmaceutica.
etodi classici di progettazione basati sul ligando (LBDD) e sul target (SBDD): isosteria, vinilogia e scaffold-hopping.
Metodi moderni di drug design: approccio farmacoforico, QSAR, 3-D QSAR, Molecular Docking, Comparative Binding Energy Analysis. Chemometria e Proteochemometria. Progettazione di farmaci mediante virtual screening.

Testi adottati

- Foye. Principles of medicinal chemistry.
- Patrick. An Introduction to Medicinal Chemistry.
- Burger. Drug Discovery.
- Wermuth. The Practice of Medicinal Chemistry.
- Comprehensive Medicinal Chemistry II.
- Appunti di lezione disponibili tramite il sistema elearning (https://elearning.uniroma1.it/course/view.php?id=441)

Prerequisiti

Gli studenti dovrebbero aver acquisito le nozioni degli insegnamenti degli anni precedenti, con particolare riferimento a tutte le materie chimiche e biochimiche. La chimica farmaceutica e' fondata sulle materie di base e quindi gli insegnamenti fondamentali sono necessari.

Modalità di svolgimento

In riferimento alla pandemia dovuta al COVID19 per le lezioni si seguiranno le disposizioni rettorali Le lezioni si svolgono in presenza, e sono fruibili dagli studenti sia in presenza, compatibilmente con le necessarie misure di sicurezza, sia a distanza in modalità sincrona con gli orari indicati al link https://corsidilaurea.uniroma1.it/sites/default/files/orario_lezioni_i_semestre_bf_2020-21_0.pdf. In particolare per le lezioni di chimica farmaceutica computazionale (Prof. Ragno) coloro che seguiranno online sara' mediante la piattaforma Google Meet alla stanza virtuale Stanza Meet: meet.google.com/znr-cypu-oau Le lezioni sono tutte interattive, per cui il docente stimola gli studenti con domande alle quali essi, in virtù dei corsi già seguiti, possono dare risposta. Questo permette al docente di rendere evidenti i collegamenti tra il corso in essere e alcuni corsi precedenti, le cui nozioni hanno un ruolo chiave per la comprensione di quanto proposto a lezione. I continui richiami a nozioni di corsi precedenti devono abituare lo studente a non studiare la materia proposta come qualcosa di chiuso, finalizzato al superamento dell’esame finale, da archiviare subito dopo, ma vuole metter in luce uno studio multidisciplinare, a cui lo studente va educato. Esercitazioni pratiche al calcolatore consentiranno allo studente di metter in pratica alcune delle nozioni impartite. Lo studente potrà trovare sulla piattaforma e-learning il materiale didattico (presentazioni, programma d’esame, bibliografia consigliata) utili per la preparazione dell’esame. Resta inteso che le presentazioni mostrate e condivise sono una guida agli argomenti di esame, ma non potranno mai assolutamente sostituirsi alle lezioni frontali tenute dal docente e alla bibliografia consigliata.

Modalità di frequenza

La frequenza e' in presenza

Modalità di valutazione

Lo studente dovrà affrontare una prova scritta che non precluderà l'accesso alla prova orale, ma che comunque sarà utilizzata per la valutazione finale
Lo studente per accedere all'esame dovra stilare un documento in formato MSWord o LibreOffice Text accompagnato da una presentazione (MS powerpoint o LibreOffice Impress) che riassuma quanto contenuto nel documento. Il documento e la presentazione dovranno essere condivise con il docente in una cartella Google Drive, insieme a tutto il materiale usato e prodotto necessario a sostenere l'esame.
Allo studente viene richiesto di scegliere un bersaglio biologico di potenziale interesse farmacologico di cui sono note le informazioni strutturali sperimentali. Al bersaglio dovranno essere applicate le tecniche computazionali descritte e praticate durante il corso selezionando una serie di piccole molecole risultate attive nei confronti del target selezionato. Durante l'esame lo studente mediante una presentazione (MS power point o libreoffice-impress) discutera' i risultati ottenuti. Lo studente dovra' anche mostrare i dati numerici e provare di aver appreso le tecniche teoriche e pratiche per la progettazione di nuove molecole bioattive.
Inoltre, per verificare la preparazione teorica lo studente sarà chiamato a rispondere per scritto ad una serie di domande aperte.
La valutazione finale terrà conto della partecipazione attiva durante il corso, dei punti ottenuti nella prova scritta, e sull'applicazione delle tecniche descritte durante la presentazione.

Data inizio prenotazione	Data fine prenotazione	Data appello
23/12/2022	04/01/2023	11/01/2023
12/01/2023	30/01/2023	07/02/2023
08/02/2023	05/03/2023	15/03/2023
16/03/2023	20/04/2023	26/04/2023
27/04/2023	27/04/2023	28/04/2023
01/05/2023	06/06/2023	13/06/2023
14/06/2023	03/07/2023	13/07/2023
01/08/2023	01/09/2023	11/09/2023
25/09/2023	25/09/2023	26/09/2023
02/09/2023	20/09/2023	28/09/2023
10/10/2023	28/10/2023	07/11/2023
10/11/2023	04/12/2023	14/12/2023
21/12/2023	31/12/2023	09/01/2024