MODULO II

Obiettivi formativi

La Bioinformatica è la disciplina che si occupa dell’analisi e dell’attribuzione di significato biologico alla grande quantità di dati biomolecolari ad oggi disponibili e rappresenta uno strumento imprescindibile nell’ambito delle attività di base e di ricerca biochimiche, biologico-molecolari, biomediche e biotecnologiche. Il corso di Laboratorio di bioinformatica ha l’obiettivo di introdurre lo studente di biologia all’uso dei più comuni strumenti computazionali oggi in uso nelle analisi bioinformatiche di sequenza e strutture sia di proteine che di acidi nucleici e all’acquisizione di conoscenze sul loro funzionamento. Gli studenti che supereranno l’esame avranno acquisito: a) conoscenza e capacità di comprensione della natura dei dati biomolecolari della basi logiche dei più comuni programmi bioinformatici di analisi dati capacità di elaborare semplici analisi bioinformatiche di dati in ambito applicativo e di ricerca b) capacità di applicare conoscenza e comprensione nell’utilizzo razionale ed efficace degli strumenti bioinformatici più comuni nell’individuazione dello strumento adatto alla soluzione di un determinato problema biologico saper progettare il trasferimento dei risultati teorici alla pratica sperimentale c) autonomia di giudizio saper individuare i limiti di applicazione degli strumenti bioinformatici saper interpretare e applicare criticamente i risultati ottenuti d) abilità comunicative saper illustrare la logica utilizzata per individuare lo strumento bioinformatico adatto a risolvere un problema biologico saper comunicare e spiegare il significato dei risultati durante un colloquio orale e) capacità di apprendimento le conoscenze di base per progredire autonomamente nell’apprendimento dell’uso e del funzionamento di strumenti bioinformatici più evoluti

Canale 1
ALLEGRA VIA Scheda docente

Programmi - Frequenza - Esami

Programma
Il modulo 2 dell’insegnamento di Laboratorio di Bioinformatica è organizzato in cinque moduli tematici. Il contenuto dettagliato di ciascun modulo è disponibile sul sito web del corso al seguente indirizzo: https://sites.google.com/uniroma1.it/laboratoriodibioinformatica/home e riassunto qui di seguito: Modulo 1: Genomica: cos’è? come nasce? Risorse utili in rete. - Ripasso di concetti di biologia necessari per comprendere la genomica - Introduzione alla bioinformatica genomica - Genomica, trascrittomica, proteomica, metabolomica - Risorse utili in rete: NCBI Gene, Ensembl, GENCODE, NCBI PubMed, miRBase, miRTarBase, g:Profile, BioMart Modulo 2: ABC di shell scripting - La linea di comando di Linux (Terminale) - Comandi del linguaggio bash per: - navigare il filesystem - creare/modificare e salvare un file di testo semplice - eseguire un programma, - controllare la grandezza di un file di testo, - editare un file di testo - copiare, cancellare e spostare file e cartelle - elaborare dati testuali - cercare parole in un file di testo Modulo 3: Analisi di espressione differenziale: scopi e modalità - Scopo di un'analisi di espressione differenziale - Come saggiare l'espressione genica su scala genomica - Microarrays - RNA-Seq - Data repository: GEO (Gene Expression Omnibus), GEO2R, microarrays - Modulo 4: Esplorazione dei genomi: UCSC genome browser - Navigare l'informazione genomica: UCSC Genome Browser e Ensembl BioMart Modulo 5: Analisi di reti in ambito genomico: esempi di applicazione - Reti di interazione molecolari - Integrazione di dati di espressione genica in una rete di interazioni - Cytoscape: piattaforma software open source per la visualizzazione di reti complesse e la loro integrazione con dati di annotazione.
Prerequisiti
Conoscenza di base di concetti fondamentali della biologia biologia molecolare, in particolare: DNA, RNA, genoma, trascrittoma, proteoma, trascrizione, traduzione, espressione e regolazione genica.
Testi di riferimento
Il materiale didattico sarà reso via via disponibile alla pagina web del modulo: https://sites.google.com/uniroma1.it/laboratoriodibioinformatica/home
Frequenza
Frequenza non obbligatoria ma fortemente raccomandata: il modulo ha una componente pratica molto importante e sarebbe molto difficile riuscire a superare l’esame senza aver frequentato il corso.
Modalità di esame
Il superamento con profitto di questo modulo verrà valutato mediante una prova pratica e un breve colloquio orale di commento al test svolto Sia all'orale che nella prova pratica, i problemi da risolvere verteranno su argomenti trattati in questo corso, secondo la tipologia di piccoli problemi, sfide e domande che verranno via via incontrate nello svolgimento delle attività a lezione.
Modalità di erogazione
Il corso prevede lezioni frontali ed esercitazioni al computer. Attraverso le lezioni frontali gli studenti apprendono le conoscenze fondamentali della disciplina. Le esercitazioni sono invece rivolte all’acquisizione di skill computazionali. Attraverso la risoluzione di semplici problemi ed esercizi lo studente apprende come applicare conoscenze e skill bioinformatici alla risoluzione di problemi biologici e per la risposta a domande di carattere genomico.
ALLEGRA VIA Scheda docente

Programmi - Frequenza - Esami

Programma
Il modulo 2 dell’insegnamento di Laboratorio di Bioinformatica è organizzato in cinque moduli tematici. Il contenuto dettagliato di ciascun modulo è disponibile sul sito web del corso al seguente indirizzo: https://sites.google.com/uniroma1.it/laboratoriodibioinformatica/home e riassunto qui di seguito: Modulo 1: Genomica: cos’è? come nasce? Risorse utili in rete. - Ripasso di concetti di biologia necessari per comprendere la genomica - Introduzione alla bioinformatica genomica - Genomica, trascrittomica, proteomica, metabolomica - Risorse utili in rete: NCBI Gene, Ensembl, GENCODE, NCBI PubMed, miRBase, miRTarBase, g:Profile, BioMart Modulo 2: ABC di shell scripting - La linea di comando di Linux (Terminale) - Comandi del linguaggio bash per: - navigare il filesystem - creare/modificare e salvare un file di testo semplice - eseguire un programma, - controllare la grandezza di un file di testo, - editare un file di testo - copiare, cancellare e spostare file e cartelle - elaborare dati testuali - cercare parole in un file di testo Modulo 3: Analisi di espressione differenziale: scopi e modalità - Scopo di un'analisi di espressione differenziale - Come saggiare l'espressione genica su scala genomica - Microarrays - RNA-Seq - Data repository: GEO (Gene Expression Omnibus), GEO2R, microarrays - Modulo 4: Esplorazione dei genomi: UCSC genome browser - Navigare l'informazione genomica: UCSC Genome Browser e Ensembl BioMart Modulo 5: Analisi di reti in ambito genomico: esempi di applicazione - Reti di interazione molecolari - Integrazione di dati di espressione genica in una rete di interazioni - Cytoscape: piattaforma software open source per la visualizzazione di reti complesse e la loro integrazione con dati di annotazione.
Prerequisiti
Conoscenza di base di concetti fondamentali della biologia biologia molecolare, in particolare: DNA, RNA, genoma, trascrittoma, proteoma, trascrizione, traduzione, espressione e regolazione genica.
Testi di riferimento
Il materiale didattico sarà reso via via disponibile alla pagina web del modulo: https://sites.google.com/uniroma1.it/laboratoriodibioinformatica/home
Frequenza
Frequenza non obbligatoria ma fortemente raccomandata: il modulo ha una componente pratica molto importante e sarebbe molto difficile riuscire a superare l’esame senza aver frequentato il corso.
Modalità di esame
Il superamento con profitto di questo modulo verrà valutato mediante una prova pratica e un breve colloquio orale di commento al test svolto Sia all'orale che nella prova pratica, i problemi da risolvere verteranno su argomenti trattati in questo corso, secondo la tipologia di piccoli problemi, sfide e domande che verranno via via incontrate nello svolgimento delle attività a lezione.
Modalità di erogazione
Il corso prevede lezioni frontali ed esercitazioni al computer. Attraverso le lezioni frontali gli studenti apprendono le conoscenze fondamentali della disciplina. Le esercitazioni sono invece rivolte all’acquisizione di skill computazionali. Attraverso la risoluzione di semplici problemi ed esercizi lo studente apprende come applicare conoscenze e skill bioinformatici alla risoluzione di problemi biologici e per la risposta a domande di carattere genomico.
  • Anno accademico2025/2026
  • CorsoScienze Biologiche
  • CurriculumBiotecnologico cellulare
  • Anno3º anno
  • Semestre2º semestre
  • SSDBIO/10
  • CFU3