ALESSANDRO PAIARDINI

Alessandro Paiardini
Associate Professor of Biochemistry (SSD BIO/10)
Department of Biochemical Sciences “A. Rossi-Fanelli”, Sapienza University of Rome

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PROFILO
• Associate Professor di Biochimica, con oltre 135 pubblicazioni peer-reviewed e un H-index di 34.
• Esperto in modellistica molecolare, design razionale di farmaci, simulazioni di dinamica molecolare e sviluppo di plugin per PyMOL.
• Coordinatore e supervisore di progetti di ricerca national e EU, con esperienza di gestione di grant fino a 450 k€.

LINGUE
• Italiano: madrelingua
• Inglese: Listening C1 · Reading C2 · Writing C2 · Speaking C1 · Interaction C1

COMPETENZE INFORMATICHE
• Linguaggi: Python (PyTorch), C, C++
• Tool strutturali: PyMOL (+PyMod, DockingPie), Gromacs, Autodock, MOE, LigandScout
• Metodi: omology modeling, docking, 3D-QSAR, MD, network analysis
• Sistemi operativi: macOS, Linux, Windows (user & admin)

FORMAZIONE
• PhD in Biochimica, Sapienza University of Rome (2005)
• Tesi: “Molecular Evolution and Structural Versatility of fold-type-I, PLP-dependent enzymes”
• Laurea (cum laude) in Biologia, Sapienza University of Rome (2001)
• Specializzazione in Biologia Molecolare

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RUOLI ACCADEMICI
• 2017-oggi: Associate Professor (SSD BIO/10), Dip. Scienze Biochimiche “A. Rossi-Fanelli”
• 2006-2017: Ricercatore (SSD BIO/10)
• 2005-2006: Post-Doc Fellow, Sapienza U. di Roma
• 2018-2029: Abilitazione a Professore Ordinario in Biochimica (05/E1)
• 2015-2026: Abilitazione a Professore Associato in Biochimica e in Biologia Molecolare

ALTRE RESPONSABILITÀ E SERVIZIO
• 2023-oggi: Presidente Corso di Laurea in Bioinformatica (L-2)
• 2023-oggi: Vice-Coordinatore Commissione Aule, Facoltà Farmacia & Medicina
• 2023-oggi: Rappresentante Sapienza per CIVIS – Domain 3 (Biochemistry, Bioinformatics…)
• 2018-oggi: Membro collegio didattico e comitato scientifico Dottorato Life Sciences
• Dal 2008: Chair e membro commissioni di laurea magistrale e master in Bioinformatica, Biotecnologie
• Numerose commissioni di valutazione per assegni di ricerca e concorsi di dottorato (2018-2023)

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INSEGNAMENTO
**Corsi in corso (Sapienza U. di Roma)**
• Bioinformatica (6 CFU)
• Structure, Biosynthesis & Analysis of Proteins (6 CFU)
• Biochemistry I (6 CFU)
• Bioinformatics & Data Handling (9 CFU)

**Scuole estive e Visiting Professor**
• CIVIS Summer School in Bioinformatics, Univ. of Tubingen (2022)
• MedILS Summer School in Bioinformatics, Croatia (2022)
• Computational Methods in Biology, Sapienza (2019–2020)
… e molti altri corsi di master e dottorato

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SCUOLE E CONGRESSI ORGANIZZATI
• School of Bioinformatics: Theory & Applications (dal 2018) – Dottorato Sapienza
• School of Immunology (dal 2019) – Dottorato Sapienza
• Royal Society Workshop, Roma (Giugno 2024)
• PROTEINS in Rome (2006), IECBM virtual conference (2025), e numerosi seminari internazionali

PREMIAZIONI & SOCIETÀ
• 2024: Invited Session Chair, IECBM 3rd International Electronic Conference on Biomolecules
• 2017: “Eccellenza per la didattica” Sapienza (Top 5% docenti Facoltà di Scienze)
• 2010: Medaglia di rappresentanza del Presidente della Repubblica, Young International Forum

MEMBERSHIP
• Italian Society of Biochemistry & Molecular Biology (SIB), dal 2018
• Editorial board: Frontiers in Molecular Biosciences; Biomolecules; Biomed Research International; …
• Reviewer per Bioinformatics, FEBS Lett., NAR, PLOS ONE, etc.

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SELECTED PUBLICATIONS (2020–2025)

• Lisini M. et al., “SERTM2: a neuroactive player in the world of micropeptides”, *EMBO Reports* 26(8):2044–2076.
• Rosignoli S. & Paiardini A., “Unraveling the Engagement of Kinases to CRBN Through a Shared Structural Motif to Optimize PROTACs Efficacy”, *Biomolecules* 15(2):206.
• Sardina F. et al., “Targeting MDM2 affects spastin protein levels and functions: implications for HSP treatment”, *Cell Death Discovery* 11:53.
• Tarullo M. et al., “Off-Target Inhibition of Human Dihydroorotate Dehydrogenase Highlights Challenges in the Development of FTO Inhibitors”, *ACS Pharmacology & Translational Science* 7(12):4096–4111.
• Gaziani C. et al., “The Z isomer of pyridoxilidene-rhodanine 5′-phosphate is an efficient inhibitor of human pyridoxine 5′-phosphate oxidase”, *FEBS Journal* 291(22):4984–5001.
• Paiardini A., “Protein Structure Prediction in Drug Discovery”, *Biomolecules* 13(8):1258.
• Fiorentino F. et al., “First-in-Class Selective Inhibitors of the Lysine Acetyltransferase KAT8”, *Journal of Medicinal Chemistry* 66(10):6591–6616.
• Carevi I. et al., “Centaurea triumfetti essential oil: chemical composition and antimicrobial activity”, *Scientific Reports* 13:7475.
• Rosignoli S. & Paiardini A., “Boosting the Full Potential of PyMOL with Structural Biology Plugins”, *Biomolecules* 12(12):1764.
• Rosignoli S. & Paiardini A., “DockingPie: a consensus docking plugin for PyMOL”, *Bioinformatics* 38(17):4233–4234.
• Boi D. et al., “PHA-680626 Is an Effective Inhibitor of the Interaction between Aurora-A and N-Myc”, *International Journal of Molecular Sciences* 22(23):13122.
• Naso F.D. et al., “Nuclear localization of Aurora-A: its regulation and significance for Aurora-A functions in cancer”, *Oncogene* 40(23):3917–3928.
• Desideri F. et al., “Intrinsic Determinants Coordinate Charme lncRNA Nuclear Activity through the Interaction with MATR3 and PTBP1”, *Cell Reports* 33(12):108548.
• De Simone P. et al., “A Single Center Retrospective Review of Patients Tested for Melanoma Predisposition Genes”, *International Journal of Molecular Sciences* 21(24):9432.

*(…e numerose altre pubblicazioni disponibili su richiesta o nelle banche dati PubMed/Scopus.)*
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