Catalogo dei Corsi di studio

Il corso affronta gli aspetti chimico farmaceutici che sono alla base
dell'azione dei farmaci, le relazioni struttura-attività e la
progettazione razionale. Verranno inoltre trattati selezionati argomenti
monografici.

Programma

Cenni di Chimica Organica e Biochimica
1. riconoscimento di gruppi funzionali da strutture 2D e 3D
2. riconoscimento di aminoacidi e acidi nucleici da strutture 2D e 3D
3. Rappresentazione di Molecole in 1D, 2D e 3D
1. SMILES
2. PDB, sdf e Mol2
4. Applicazione
1. Marvin Sketch
2. Web applications
3. UCSF Chimera
Fasi Farmaceutiche
1. Farmaceutica
1.1. Definizioni
2. Farmacocinetica
2.1. Definizioni
2.2. Lipinsky
a) I Parametri di Lipinsky
b) Come si calcolano (esercitazioni pratiche)
2.3. Veber
2.4. Metabolismo
a) Reazioni di Fase I
b) Reazioni di Fase II
3. Farmacodinamica
3.1. Definizioni
3.2. Interazioni Farmaco/Recettore
a) Visualizzazione grafica (esercitazioni pratiche)
Drug Discovery
Metodi Classici in Chimica Farmaceutica
1.1. Relazioni Struttura-Attività (SAR)
1.2. Progettazione di Analoghi
a) Selective Optimization of Side Activities (SOSA)
b) Fragment-based lead discovery
c) Serie Omologhe
d) Vinilogia
e) Ligandi doppi
f) Isosteria
g) Scaffold Hopping
Computer Drug Design
1. LBDD
1.1. Similarità Molecolare
a) Descrizione di una molecola
• Chimicamente (Parametri)
• Strutturalmente (Fingerprints)
b) Similarità Chimica
c) Similarità Molecolare
d) Valutazione della Similarità
1.2. Approccio Farmacoforico
a) Panoramica e Teoria
b) Ligand Scout (esercitazioni pratiche)
c) Free/open source Software
d) Applicazione
1.3. QSAR
a) Storia
b) Il metodo Hansch/Fujita (Linear Free Enrgy Relationships)
c) Il metodo Free-Wilson (Structure-Activity Relationships)
d) QSAR Avanzata
• Analisi delle componenti principali (PCA)
• Metodo Projection of Latent Structures (PLS)
e) QSAR con Microsoft Excel/Gnumeric/Libreoffice (esercitazioni pratiche)
f) QSAR con free/open source software (esercitazioni pratiche)
g) Applicazione della QSAR
1.4. 3-D QSAR
a) L’approccio GRID di Goodford
b) Sovrapposizione/allineamento di molecole
c) Comparative Molecular Field Analysis (CoMFA)
d) 3-D QSAR con free/open source (esercitazioni pratiche)
e) 3-D QSAR con applicazioni web (esercitazioni pratiche)
2. Cenni di SBDD

Testi adottati

- Foye. Principles of medicinal chemistry.6-Ed.2007
- Patrick. An Introduction to Medicinal Chemistry.4-Ed.2009
- Burger. Drug Discovery
- Wermuth. The Practice of Medicinal Chemistry, Third Edition
- Comprehensive Medicinal Chemistry II
- Appunti di lezione e tutorial disponibili sulla piattaforma web e-learning (https://elearning.uniroma1.it/course/view.php?id=381)

Prerequisiti

Lo studente dovrebbe aver acquisito le conoscenze di chimica organica e di biochimica svolte nei corsi precedenti

Modalità di valutazione

Lo studente viene inizialmente valutato con una prova pratico/scritta al calcolatore in cui dimostra di aver appreso le nozioni imparate durante le esercitazioni. La prova scritta si fonde con nozioni teoriche.
Passata la prova scritta lo studente viene interrogato sulle nozioni fornite durante il corso.
Durante il corso potranno essere assegnati dei piccoli compiti per la valutazione in itinere della partecipazione attiva e ne sarà tenuto conto per la valutazione finale.